Etant la principale composante, depuis sa mise en place le 13 décembre 1998 et jusqu'au 31 mai 2005, de l'Exécutif des Musulmans de Belgique (l'institution officielle représentant la communauté musulmane auprès des autorités belges), le Conseil Supérieur des Musulmans de Belgique avait réduit ses activités propres, pour les restreindre:
au soutien à l'EMB ; A son installation, l'euphorie était très grande et la quasi totalité des membres du Conseil avait migré dans la nouvelle institution et l'activité du Conseil s'était en quelque sorte, confondue avec celle de l'EMB. Faire avancer les différents dossiers relatifs au culte musulman était le souci permanent des réunions du Conseil.
à la réflexion sur l'union de la Communauté musulmane ; Sur ce point, différents projets avaient été entrepris.
Au niveau local, une tentative de coordination entre les mosquées de la province de Liège avait été l'embryon de ce qu'on a appelé quelques années plus tard "l'Union des Mosquées de Liège".
Sur la scène européenne, le Conseil a été présent par sa participation à la fondation et à la structuration de ce qu'on appelle "Conseil Musulman de Coordination en Europe" (CMCE).
Sur le plan national, le Conseil participe avec d'autres groupes, à l'élaboration d'une coordination entre les différences associations musulmanes, une sorte d'UOIF en Belgique.
L'équipe réduite restée encore opérationnelle, avait oeuvré essentiellement sur les 3 secteurs suivants:
au niveau médiatique : sensibilisation de la communauté à la construction de son identité et de l'avenir de ses enfants, au moyen de différents média : site internet, émissions radio (radio Al-Manar à Bruxelles). Pour des raisons peu claires, les émissions radio hebdomadaires, suivies par un grand nombre de bruxellois, avaient été stoppées par les responsables de la radio. Quand au site internet, mis sur le réseau depuis l'été 1999, fait peau neuve en ce début d'année 2006.
l'édition des horaires des prières durant toute l'année.